สนามบินแม่ฮ่องสอน เริ่มก่อตั้งขึ้นประมาณกลางปี  2482  พื้นที่เดิมเป็นที่นาของราษฎร โดยทางจังหวัดได้รับบริจาคจากคหบดี เมื่อได้มาจึงเพียงแต่ปรับคันนาให้เรียบพอเป็นที่ ขึ้น – ลง ของเครื่องบินได้ มีความยาวประมาณ 600 เมตร กว้าง 25 เมตร ทิศทางทางวิ่ง เหนือ –ใต้ อันเป็นที่ตั้งของสถานี เอ็นดีบี. ในขณะนั้นไม่มีอาคารสถานีการบิน ผู้โดยสารที่จะมาขึ้นเครื่องบินต้องเข้าพักรอที่ใต้ถุนบ้านพักนายสถานีวิทยุคมนาคมของกรมไปรษณีย์โทรเลข ซึ่งอยู่ใกล้ ๆ กับทางวิ่งนั่นเอง เมื่อมีเครื่องบินมา ขึ้น – ลง เจ้าหน้าที่ซึ่งมีที่ทำการอยู่ในเมืองจะนำล้อเกวียนเทียมโคคู่ ออกมารับสัมภาระของผู้โดยสารเข้าเมืองไป ระยะทางจากสนามบินเข้าสู่ตัวเมืองประมาณกิโลเมตรเศษ พาหนะอื่นไม่มี บริษัทเดินอากาศ จำกัด เป็นผู้ทำการเปิดบินเป็นครั้งแรก ด้วยเครื่องบินแบบแฟร์ไชลด์   ( FAIR CHILD )  ซึ่งบรรทุกผู้โดยสารได้ เที่ยวละ 3 – 4 คน โดยมีเส้นทางบิน เชียงใหม่ – แม่ฮ่องสอน – แม่สะเรียง – เชียงใหม่ เครื่องอำนวยความสะดวกในการเดินอากาศต่าง ๆ  ยังไม่มี กำหนดการบินจึงขึ้นอยู่กับสภาพอากาศเป็นสำคัญอยู่จนกระทั่งเกิดสงครามโลกครั้งที่  2 จึงหยุดบินไประยะหนึ่ง เมื่อสงครามสงบ กองทัพอากาศได้ปรับปรุงสนามบินอีกครั้ง โดยเปลี่ยนแนวทางวิ่งเป็น ทิศตะวันออก – ทิศตะวันตก ( ในปัจจุบัน ) พื้นผิวของทางวิ่ง เป็นดินลูกรังบดอัด ยาว 800 เมตร กว้าง 30 เมตร  และเปิดให้ทำการบิน ขึ้น – ลง  ได้ในเดือนกรกฎาคม 2489  ต่อมากองทัพอากาศได้มอบให้ สำนักงานการบินพลเรือน กรมการขนส่ง กระทรวงคมนาคมในขณะนั้น ต่อมาเปลี่ยนเป็นกรมการบินพาณิชย์ เข้าปรับปรุงเป็นสนามบินพาณิชย์  และบริษัทเดินอากาศไทยได้นำ เครื่องบินแบบ แอล 5 ทำการบินแบบพาณิชย์ ในวันที่ 1  มีนาคม 2490 เป็นต้นมา และกรมการบินพาณิชย์ ได้เปลี่ยนชื่อเป็นกรมการขนส่งทางอากาศ ตามราชกิจจุเบกษา มาตรา 51 หน้า 21 เล่ม 119 ตอนที่ 102 ก วันที่ 8 ตุลาคม 2545 และต่อมากรมการขนส่งทางอากาศได้เปลี่ยนชื่อเป็น กรมการบินพลเรือน ตามราชกิจจานุเบกษา  หน้า  4  เล่ม  126   ตอนที่  87  ก   วันที่  23  พฤศจิกายน  2552 และในปี พ.ศ. 2558 กรมการบินพลเรือนได้เปลี่ยนชื่อเป็นกรมท่าอากาศยานภายใต้สังกัดหน่วยงานของกระทรวงคมนาคมจนถึงปัจจุบัน